Nvidia ha annunciato che fornirà una licenza gratuita di 90 giorni per Parabricks a qualsiasi ricercatore che si sta impegnando, a livello mondiale, nello sforzo che sta coinvolgendo l’intera comunità scientifica nel combattere il nuovo coronavirus.
Basato sul noto Genome Analysis Toolkit, Nvidia Parabricks utilizza la Gpu per accelerare fino a 50 volte l’analisi dei dati di sequenza.
Pur con la dovuta riconoscenza per l’apertura di una propria risorsa da parte di una società commerciale, un periodo di 90 giorni potrebbe non sembrare un lasso di tempo molto esteso. Tuttavia, la stessa Nvidia ha sottolineato di essere consapevole che questa pandemia si sta evolvendo in modo preoccupante e di conseguenza l’azienda ha anche annunciato che terrà la situazione sotto monitoraggio ed estenderà l’offerta qualora dovesse rendersi necessario.
Chi ha accesso a Gpu Nvidia, non deve far altro che compilare un apposito modulo predisposto online dall’azienda, per richiedere una licenza Parabricks.
Per i ricercatori che lavorano con i dati long-read di Oxford Nanopore, ha inoltre informato Nvidia, su GitHub è disponibile un repository di strumenti con accelerazione Gpu. Inoltre, nelle seguenti applicazioni è già integrata l’accelerazione Gpu Nvidia: Medaka, Racon, Raven, Reticulatus, Unicycler.
Parabricks è una startup americana che ha sviluppato una soluzione basata su Gpu per accelerare il processo di analisi di un intero genoma umano riducendone la durata da alcuni giorni a meno di un’ora. Dato che le piattaforme generano sempre più dati, l’analisi dei dati è diventata un grosso collo di bottiglia in termini sia di tempo che di costi, e la soluzione di Parabricks è stata progettata per risolvere entrambi questi ostacoli.
Nvidia, alla fine dello scorso anno, ha acquisito Parabricks, che è entrata a far parte del team Nvidia Healthcare. Del resto, l’accelerazione nel campo scientifico, in particolare in ambito medico, è una delle attività core di Nvidia.
Data la diffusione senza precedenti della pandemia di coronavirus, ottenere risultati di ricerca in ore rispetto a giorni potrebbe avere un impatto straordinario sulla comprensione dell’evoluzione del virus e sullo sviluppo dei vaccini, sottolinea Nvidia. L’azienda ha anche informato di essere in contatto con cloud service provider e centri di supercomputing per la fornitura di risorse di calcolo e accesso per Parabricks sulle loro piattaforme.
In questo periodo di emergenza sanitaria che coinvolge tutti, a livello internazionale, non è questo l’unico esempio di collaborazione tra le community tecnologica e scientifica: abbiamo visto ad esempio il dataset gratuito e aperto che aiuta i ricercatori a combattere il nuovo coronavirus.
